La campagne de travaux engagée en 2016 sur les élévations extérieures du Palais de l’Isle à Annecy a donné lieu à une étude du bâti prescrite par le service régional de l’archéologie. L’opération archéologique menée par la société Archeodunum s’inscrit plus particulièrement dans le cadre de la restauration des parements, des charpentes et des couvertures de l’ensemble monumental. L’intervention de terrain s’est déroulée de concert avec les travaux de maçonnerie et de charpente conduits sous la maîtrise d’œuvre de Manuelle Hery, architecte du patrimoine. Elle a duré deux mois répartis sur la totalité des travaux, entre août 2016 et septembre 2017. Nos investigations sur l’enveloppe extérieure ont été dans la mesure du possible confrontées à l’examen des intérieurs et des dispositifs de planchers et de circulation.

L’opération archéologique avait pour objectifs de localiser les différentes phases de construction et de reconstructions de l’édifice. La mission était d’établir ensuite une chronologie relative des vestiges archéologiques et de tenter d’en préciser la datation grâce aux sources historiques. La chronologie a également été complétée et étayée par des dates absolues obtenues par l’analyse dendrochronologique des charpentes de toit situées dans l’emprise de la restauration.

L’étude archéologique du Palais de l’Isle érigé au milieu du canal du Thiou, a ainsi mis en évidence quatre états architecturaux appartenant à des époques différentes comprises entre le XIVe et le XVIIIe siècle. Les chantiers menés au cours des XIXe et XXe siècles apparaissent en filigrane au travers de la présentation des résultats de ceux conduits antérieurement.
Le premier état coïncide avec les constructions du XIVe siècle période au cours de laquelle on place deux phases de travaux. La première est celle de la maison-forte (v. 1325) reconnue au niveau du mur nord du bâtiment actuel. La seconde phase appartient l’atelier monétaire (v. 1355) dont les vestiges semblent conservés sur quelques assises au niveau du mur sud dressé le long du petit bras du Thiou et à celles d’un escalier érigé dans œuvre.
Le second état correspond à l’aménagement au XVe siècle de fenêtres à croisée dans le mur nord de l’ancienne maison-forte. Ce chantier correspond probablement à une transformation de l’ancienne prison en résidence avec la création de grandes ouvertures dans une élévation nord pratiquement aveugle.
Le troisième état regroupe les transformations menées au XVIe siècle pour adapter l’ancienne maison à ses nouvelles fonctions de palais de justice. Cinq grandes phases de travaux ont été reconnues.
Phase 1 : La tour d’escalier a été construite sur 11,10 m de haut avec un système de galerie adossé contre le mur ouest de l’ancienne maison pour circuler avec l’atelier monétaire. L’ensemble érigé avant 1553 ne s’élevait pas plus haut que les murs de la maison-forte.
Phase 2 : Les structures charpentées de l’ancienne maison-forte ont été reconstruites en 1573-1574d avec les arases des murs. La charpente sur poutres armées est alors mise en place au niveau de la corniche de dalles et de nouveaux planchers sont créés pour être mis de niveaux avec la galerie.
Phase 3 :  Le bâtiment des archives est construit en 1580 dans l’angle nord-ouest du palais pour bénéficier de la tour d’escalier et accéder ainsi à ses nouvelles salles.
Phase 4 : La tour d’escalier est rehaussée en 1584 de quatre mètres afin de desservir le palais de justice et ces nouvelles salles.
Phase 5 : La tour des latrines, laquelle a été construite avant la fin du XVIe siècle.
Le quatrième état correspond à l’ensemble des travaux menés sur le bâtiment au cours du XVIIIe siècle. Tous les corps de bâtiments sont concernés par le percement de nouvelles baies ou la reconstruction de murs entiers. Ces travaux ont été conduits en quatre grandes étapes dans le courant de ce siècle, depuis l’est de l’Isle jusqu’aux parties occidentales. Outre les données archéologiques, ils sont documentés par les sources écrites et un plan daté de 1760.