La commune de Saint-Jean-le-Thomas est située en Normandie, dans la baie du Mont-Saint-Michel. Son église paroissiale, dédiée à Saint-Jean-Baptiste, est implantée au centre du bourg, sur une légère éminence, quelque peu en retrait de la côte. L’édifice est encore bordé au sud par un cimetière, alors qu’au nord se développe un presbytère du XVIII^e siècle. Malgré les datations anciennes qui lui ont été attribuées de manière stylistique, l’église Saint-Jean-Baptiste n’a pas fait l’objet d’études approfondies. L’édifice est composé d’une nef – flanquée au sud d’un porche et d’une tour clocher – suivie d’un chœur à chevet plat. L’ensemble se développe sur 30 m de long avec des largeurs différenciées pour la nef (8 m) et le chœur (6m).

Des travaux de restaurations ont été initiés en 2021 dans le but de purger l’ensemble des enduits ciments de toutes les façades, hormis celle du gouttereau sud du chœur. La DRAC au regard de l’intérêt patrimonial de l’édifice protégé au titre des Monuments Historiques a préconisé une étude archéologique du bâti pour identifier le phasage des programmes architecturaux de l’église de Saint-Jean-le-Thomas. Une autorisation de sondage a été délivrée pour que nous puissions étudier les façades justes après le piquage.  

Grâces aux éléments architecturaux et aux datations 14C, huit grandes phases de construction se sont dégagées de notre étude. La phase primitive est localisée sur les gouttereaux du chœur et est reconnaissable par son parement en opus vittatum, lié par un mortier blanc. Elle serait datée entre les II^e et IV^e siècles et correspondrait probablement à un bâtiment d’une ancienne villa antique. Au X^e siècles, ces maçonneries sont surélevées au nord et au sud avec l’ajout de petites baies dont les arcs sont en brique. L’édifice connait deux phases d’agrandissement vers l’ouest, au XI^e puis au XII^e siècle, avec la construction d’une nef. Le parement nord de cette dernière a été entièrement reconstruit au cours du XIII^e siècle, de même pour le chevet au XV^e siècle. L’église prend alors le plan que nous lui connaissons aujourd’hui. Les phases suivantes sont surtout liées à des réfections et des réaménagements du site. Entre le XVI^e et le XVIII^e siècle, nous observons la création de plusieurs baies dans les gouttereaux nord et sud ainsi que sur le chevet. Une nouvelle porte est percée au nord et s’accompagne du comblement d’anciens accès. Enfin nous avons relevé plusieurs campagnes de restaurations au ciment sur l’ensemble de l’édifice au cours des XIX^e et XX^e siècles.